北京市海淀区教育科学研究院共分三个院区：

美丽园院区地址：北京市海淀区八里庄街道彰化路美丽园甲1号

健翔桥院区地址：北京市海淀区花园东路8号院19号楼

环谷园校区地址：北京市海淀区环谷园路8号